我国事业单位现行的薪酬管理体制是随着社会主义经济制度的确立而建立起来的。事业单位的薪酬类型从职务等级工资型、结构工资型到针对工作性质和特点的不同类型的工资型再到岗位绩效工资型，在不同的历史时期发挥过不同程度的积极作用。但随着我国经济的发展，事业单位先行的薪酬管理制度在推行过程中，由于执行细则和标准没有出台，各个事业单位的理解不一致，导致事业单位的薪酬管理仍然存在一些不足和缺陷。
（一）缺乏分配自主权，导致竞争力下降
现行大部分事业单位的工资增长与调整，由国家或者当地政府根据社会发展情况、财政状况统一进行，由政府人事部门核准。这种高度集中统一的工资分配模式，使事业单位自身的工资水平，工资总量与个人技能、能力和绩效表现相对脱节，缺乏激励机制，没有利益动力，单位躺在国家怀抱吃财政的“大锅饭”，职工躺在单位怀抱端“铁饭碗”，干好干坏、干多干少、干或不干都一样，难以调动单位和职工双方面的积极性。另外，作为独立的法人机构和利益主体，事业单位应具有相应的经营自主权，同时在利益分配上也应享有充分的分配自主权，而现实情况恰恰相反，政府部门过渡干预事业单位经营管理，使事业单位没有充分享有分配自主权，职工的积极性将下降，更难以适应激烈的市场竞争环境。
（二）绩效考核流于形式，形成新一轮“大锅饭”
事业单位的薪酬结构大致分为基本工资、津贴补助项目和奖金部分，其中基本工资及津贴补助项目执行的是国家、地方统一规定的标准，相对比较稳定，属于保障因子；奖金项目与职工的绩效表现挂钩，具有一定的灵活性，应按绩效考核结果来计发。但在实际操作中，大多数事业单位都没有完整的考核制度，虽然也进行了不同程度的考核，包括月度考核、季度考核和年度考核，但是并没有起到奖勤罚懒的作用，很多考核的内容没有量化，主要体现在以下四个方面：第一，考核内容基本上由“德、能、勤、绩、廉”涵盖，非常笼统，缺乏具体的考核要素，不能真实准确地反映单位人员的实际工作绩效；第二，单位人员考核的标准没有和单位目标、使命很好的结合起来，没有体现单位的组织文化，缺乏制定绩效标准的工作分析和工作说明书，指标没有得到职工认同和支持，指标过于刚性，缺乏创新；第三，没有建立绩效评估系统，常见的做法是每到考核期末，人力资源部门发放考核表格，但由于日常缺乏绩效管理环节，没有科学的评估体系，导致考核人根据个人的主观印象对被考核部门或者被考核人进行评分，而考核人为了不得罪被考核部门或者被考核人，打分基本雷同，没有体现出绩效考核的严肃性。第四，目前事业单位人员绩效考核一般分为四个等级，即“优秀”、“称职”、“基本称职”、“不称职”。多年的考核结果表明，能评为优秀的人员凤毛麟角，大家都集中在称职上和基本称职上，基本没有人不称职，不能有效地体现工作人员的绩效差别。这种考核的现状使得考核工作流于形式，将灵活的奖金当成每月必发的工资，体现不出“绩效优先”的原则，失去了激励的意义，从而形成了新一轮的平均主义。
（三）职工薪酬收入与市场价格脱节，难以形成人才流动的“洼地”
与企业相比，事业单位由于其本身职能特点所限，尚处于一个相对封闭的环境，长期沿用国家统一的工资标准，工资水平的确立也脱离了市场价位，缺乏竞争力，其中最具竞争力的核心职位、关键职位上的优秀人才的薪酬水平更远远低于市场价位，因此，现工资标准已不能有效地体现各类人才的市场价格。如相同性质的人员进入不同的工作单位的薪酬比较，进入事业单位从事研究工作的与进入外企从事研发工作的薪酬收入之比相差十几倍甚至更多。而在同一单位中，进入简单劳动岗位的人力资源，其工资又高于市场价位。这样一来，“劣币驱除良币”，单位想淘汰的人淘汰不出去，想留的人才留不住，想引进高级人才更加困难，严重影响了事业单位的发展。
（四）分配模式单一，缺乏激励性
随着知识经济时代的到来，薪酬已经不是单一的工资，也不是纯粹的经济性报酬。目前我国事业单位的薪酬体系的现状是外部激励措施尚不健全、内在激励因素更无从谈起，对职工的长效激励后劲不足，没有建立起利益共享机制，很难使职工为单位的长期利益着想；资本要素、劳动力要素、技术要素参与分配使用的较少或力度不够，因此往往达不到职工的期望值，致使士气下降，单位急需的骨干人才流失。另外，事业单位加薪模式通常为每两年自然晋升一级工资和调整工资标准两种，形式过于单调，覆盖面比较宽，各类人员的增资额档次没有拉开，以资历定薪酬的传统思维模式无法根除，激励职能不能正常发挥。事业单位职工如想加薪只有两种途径，一种是职务提升，而另一种是取得高一级专业技术职称，这就使得事业单位职工过于热衷于职务、职称的晋升，从而不利于优化职工结构，打造复合型人才。
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