建国以来，我国事业单位薪酬制度先后经历了1956年、1985年、1993年、2006年四次大的改革。2006年6月人事部财政部下发了《关于印发事业单位工作人员收入分配制度改革方案的通知》和《事业单位工作人员收入分配制度改革实施办法》等文件，改革事业单位自1993年以来实行的职务等级工资制度，建立岗位绩效工资制度，以适应事业单位聘用制改革和岗位管理的要求。岗位绩效工资制，包括岗位工资、薪级工资、绩效工资和津贴补贴四个部分，其中岗位工资、薪级工资为基本工资，实行“一岗一薪、岗变薪变”，“一级一薪、定期升级”。
1、岗位工资
岗位工资主要体现工作人员所聘岗位的职责和要求。事业单位岗位分为专业技术岗位、管理岗位和工勤技能岗位。专业技术岗位设置13个等级，管理岗位设置10个等级，工勤技能岗位分为技术工岗位和普通工岗位，技术工岗位设置5个等级，普通工岗位部分等级。不同等级的岗位对应不同的工资标准，工作人员按所聘岗位执行相应的岗位工资标准。
2、薪级工资
薪级工资主要体现工作人员的工作表现和资历。薪级工资标准由相应的“薪级”确定，对专业技术人员和管理人员设置65个薪级，对工人设置40个薪级，每个薪级对应一个工资标准。对不同的岗位规定不同的起点薪级。而“薪级”需要由“不同级别的岗位上的具体任职年限”和“套改年限”两个信息确定。
3、绩效工资
绩效工资主要体现工作人员的实绩和贡献。国家对事业单位绩效工资分配实行总量调控和政策指导，事业单位在核定的绩效工资总量内，按照规范的程序和要求自主分配。绩效工资是事业单位收入分配中机动的部分，占事业单位工作人职工资的比重较大，分为基础性绩效和奖励性绩效工资两部分。基础性绩效主要体现地区经济发展、物价水平、单位类别、岗位职责和经费来源等因素，一般按月发放。奖励性绩效工资主要体现工作量和实际贡献等因素，根据考核结果发放。我国事业单位实施绩效工资分三步展开。第一步自2009年1月1日起先在义务教育学校实施；第二步配合医药卫生体制改革，特别是实行基本药物制度，自2009年10月1日起，在疾病预防控制、健康教育、妇幼保健、精神卫生、应急救治、采供血、卫生监督等专业公共卫生机构和乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构等基层医疗卫生事业单位实施；第三步自2010年1月1日起，在其他事业单位实施。在事业单位形成合理的绩效工资水平决定机制，对于调动事业单位工作人员积极性，促进社会事业发展、提高公益服务水平，具有重要意义。
4、津贴补贴
事业单位津贴补贴分为艰苦边远地区津贴和特殊岗位津贴补贴两类。
艰苦边远地区津贴主要是根据不同地区自然环境的差异、地域的气候、海拔高度及社会发展等因素对在艰苦边远地区工作的职工额外劳动消耗和特殊生活费支出的适当补偿。对艰苦边远地区的事业单位工作人员，执行国家规定的艰苦边远地区津贴制度，所需经费，属于财政支付，由中央财政统一负担。特殊岗位津贴补贴主要是对在事业单位苦、脏、累、险及其他特殊岗位工作的职工的补偿。国家统一制定特殊岗位津贴补贴的项目、标准和实施范围，明确调整和新建特殊岗位津贴补贴的条件，建立了动态的管理机制。
事业单位实行定期增资制度。凡在年度考核中被确定为优秀、称职的，可以按照规定晋升工资和发给奖金。我国事业单位增资制度采取以下五种途径：
（1）正常升级。全额拔款和差额拔款的单位，在严格考核的基础上，实行正常升级，年度考核结果为合格及以上等次的工作人员，每年增加一级薪级工资，并从第二年的1月起执行。自收自支单位，参照企业的办法，在国家政策规定的范围内，根据其经济效益增长情况，自主安排升级。
（2）晋升职务、技术等级增加工资。专业技术人员和管理人员晋升职务时，按晋升的职务相应增加工资。工人晋升技术等级或技术职务时，按晋升的技术等级或技术职务相应增加工资。
（3）岗位变动。岗位工资按新聘岗位确定，薪级工资按以下办法确定：由较低等级的岗位聘用到较高等级的岗位，原薪级工资低于新聘岗位起点薪级工资的，执行新聘岗位起点薪级工资，第二年不再正常增加薪级工资；原薪级工资达到新聘岗位起点薪级工资的，薪级工资不变。由较高等级的岗位调整到较低等级的岗位，薪级工资不变。由专业技术岗位、管理岗位、技术工岗位和普通工岗位之间变动的，薪级工资按新聘岗位比照同等条件人员重新确定。
（4）定期调整工资标准。为保证事业单位工作人员的实际工资水平不下降并逐步增长，根据经济发展情况、组织相当人职工资水平状况和物价指数变动情况，定期调整事业单位工作人员的工资标准。
（5）高津贴水平。随着工资标准的调整，根据经济发展和财力增长及调控地区工资收入差距的需要，相应提高津贴水平；根据财政状况和对特殊岗位的倾斜政策，适时调整特殊岗位津贴补贴标准，使工资构成保持合理的关系。
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