2011年4月初，中央已经确定了一张事业单位分类改革的时间表，共涉及到超过126万个机构，4000余万人。该时间表预计到2015年，中国将在清理规范基础上完成事业单位分类；到2020年，中国将形成新的事业单位管理体制和运行机制。事业单位改革是行政管理体制改革的重要组成部分。
基于事业单位经营管理的特殊性和历史成因，事业单位转制后在组织结构设计方面应重点遵循以下几项原则：
（1） 战略导向原则
组织是实现组织战略目标的有机载体，组织的结构、体系、过程、文化等均是为完成战略目标服务的，达成战略目标是组织设计的最终目的。因此，事业单位的组织设计，应通过组织结构的优化和完善，确保战略目标的有效实现。
（2） 适度超前原则
事业单位组织结构的设计，应综合考虑组织的内外部环境、当前状况以及未来的发展战略，在组织设计层面适度超前，预留发展空间。
（3） 系统优化原则
现代组织是一个系统工程，组织中的人、财、物与外界环境联系紧密，需要充分考虑交叉业务活动的统一协调和过程管理的整体性，需要对外部环境具有较高的适应性和应变能力，同时，机构设置应与组织目标一致，流程设计应简化高效，有利于信息畅通、迅速决策、有机协调。
（4） 有效管理幅度与合理管理层次原则
管理层级与管理幅度的设置受到组织规模的制约，在组织规模一定的情况下，管理幅度越大，管理层次越少。应在有效控制的前提下尽量减少管理层级，促进信息流通，实现组织扁平化。其中，管理幅度的设计受主管指挥、监督部属能力的限制，没有一定的标准，粗略地讲，高层管理幅度一般为3～6人，中层管理幅度一般为5～9人，基层管理幅度一般为7～15人。
（5） 责权利对等原则
责权利相互对等，是组织正常运行的基本要求。权责不对等对组织危害极大，有权、无责容易造成瞎指挥的现象，有责、无权、无利会严重挫伤职工的积极性，也不利于任务目标的完成。因此，在组织结构设计时应着重强调职责和权利的对等设置，使组织能够做到职责明确、权力对等、分配公平。
（6） 职能专业化原则
组织目标的实现需要多种专业职能的密切配合，因此，应充分考虑职能的专业化分工，应将相同类型的专业职能尽可能归集到一个或一类部门，将组织的人才、资源也配置到对应的部门，促进部门职能的专业化发展，使得部门在提高自身专业化水平的基础上，实现与其他部门的有效配合。
（7） 稳定性与动态性相结合原则
首先，组织结构必须具有一定的稳定性，这样可使组织中的每个人工作相对稳定，相互之间的关系也相对稳定，这是组织正常运转的必要条件，如果组织结构经常变化，必然会造成职责不清晰、组织运行混乱、效率不高的局面。同时，从另一个角度来看，由于组织的外部环境和内部条件不断变化，组织结构又必须具有一定的动态性，如果组织结构、组织职责不适应这种变化，组织就容易缺乏生命力、缺乏经营活力，甚至逐步被社会所淘汰。因此，组织应在保持稳定性的基础上进一步加强和提高动态适应性。
