股权激励是个复杂的系统工程，众多因素影响激励计划能否顺利实施及其效果，如行业特点、企业治理结构、法律法规、财务问题、企业管理制度体系等都是影响因素。无论是上市企业还是非上市企业，在实施股权激励中都会碰到各种难点与问题。
一、缺少法律层面的保障
无论是《公司法》还是《证证券法》，对于股权激励都没有明确的法律规定和保障。在《公司法》中，只是提到了高管人员的报酬事项，并且董事、监事的报事项由公司股东大会决定，而经理、副经理及财务负责人的报酬事项由公司董事会即可决定。这与股权激励的审批程序并非完全一致。
二、证券市场不成熟
由于种种原因，我国证券市场的有效性一直较低，其中一个重要的表现就是股票价格不能完全反映股票本身的价值，经常出现股价与业绩非对称的现象。在这种股价与业绩不对称的市场环境下实行股权激励计划，很有可能出现绩优股上市公司的股票不能获利，或者获利很小，而经营不善的亏损公司管理者手中的股权却有可能在行权时获得丰厚收益，从而导致股权的反向激励效应
三、期权或获授股票的流动性问題
经营者任期届满，或因经营不善被辞退，或因调离、退休等原因离开企业，那么经营者在企业的股份如何兑现，是由继任者购买，还是由离去的经营者继续持股享受分红?即使由后继的经营者购买，能否按原价购买，退出的期股价格如何评估，等等，都应有原则性的规定。
四、缺少财务、税收等相应的配套制度
激励对象持股所获红利及增值收益等是否能享受税收方面的优惠?个人所得税如何缴纳，是作一次性收入缴纳，还还是按月摊薄缴纳，这也是必须解决的问题。又比如，上市公司对于股权激励如何进行财务上的处理，也需要财政部、证监会等相关部门协调，制订相应的会计处理准则。
五、公司治理结构不完善
作为一种长效性激励制度，股权激励计划必须在完善的公司治理下才能发挥重要作用。而目前我国公司治理问题仍很突出，不利于股权激励制度的推行。这主要表现在以下方面：
(1)两职合一现象比较严重，公司的经营管理者同时又是董事会的主要领导，这就为管理者替自己获取不合理的股权比例提供了制度上的便利；
(2)缺乏独立的薪委员会，外部董事比例明显较低，这使得薪酬委员会缺乏独立性和公正性，从而影响响股权激励计划的实施与发展；
(3)监事会受内部人控制的情况居多，其检查督察功能较弱。
六、经营业绩如何评价
诺贝尔经济学奖得主加里·贝克尔曾经说过：“只有当期权能够奖优罚劣时，它才是一种有价值的商业工具。”在《股权激励管理办法》中规定了对于董事、监事、高级管理人员应当以绩效考核指标为实施股权激励计划的条件。因此，上市公司绩效考核体系和考核办法应当如何建立立，具体又怎样计算，怎样与期权激励挂钩，有待进一步完善。
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